L’arcipelago ospita uno degli habitat più ricchi del mondo, quasi interamente protetto grazie all’istituzione, nel 1995, del Parco Marino di Mafia Island (822 kmq di superficie), la più vasta area marina tutelata dell’Oceano Indiano.
I suoi fondali si caratterizzano per l’insieme unico di ecosistemi costituiti da estuari, mangrovie, barriere coralline popolate da oltre 400 specie di pesci identificate. La pesca è consentita solo in determinate zone e solo agli abitanti, con metodi tradizionali.
I punti d’immersione più interessanti si trovano nei pressi di Chole Bay e del Kinasi Pass. I fondali, ancora tutti da scoprire, permettono lunghe e tranquille immersioni.