Già da qualche tempo Los Roques è stata inserita negli itinerari subacquei per i suoi fondali ancora incontaminati.
Sulle pareti si alternano zone di corallo a vere e proprie distese di alghe, presenti soprattutto nei bassi fondali dove la luce è più forte. Tra i fili di vegetazione marina, si muove e si nasconde, una quantità incredibile di pesci colorati. Inoltre è il regno dei molluschi, tra cui la chiocciola di mare, conosciuta come "queen-conch", dalla conchiglia color roseo.
Un tempo raccolta per costruire arcaici utensili domestici, utilizzata in cerimonie religiose e venduta come souvenir, in questi ultimi anni ne è stata bandita la raccolta al pari della caccia alle tartarughe che qui vengono raccolte e protette in un centro attrezzato per la loro salvaguardia.
Generalmente, in funzione della profondità, a Los Roques si incontrano tre differenti tipi di fondale: il primo, entro i primi 7-8 metri, è un bassofondo sabbioso che si alterna a formazioni coralline ricche di piccoli ma attivi organismi marini, oltre a stelle marine, ricci diadema e granchi; tra gli 8 ed i 15 metri, la barriera prende corpo ravvivando l’ambiente con colori e fauna tipica del reef come le piccole gorgonie e le spugne e granchi; infine la terza fascia, quella dai 15 ai 40 metri, esprime la ricchezza dei fondali di Los Roques. Qui vivono grandi spugne tra le quali si muove un vivace mondo sottomarino. Ogni parte delle pareti a declivio è colonizzata da organismi incrostanti, tra le acque si aggirano barracuda e mante, in prossimità di cunicoli non è raro l’incontro con squali nutrice, nelle zone sabbiose, o sotto le madrepore, risiedono invece razze e tartarughe, pesci angelo, pesci pappagallo e polpi.